Через какое время расклеивается домен из яндекс каталога?
 

зарегистрировал домен, он оказался склеен с другим аналогичным названием, но в другой зоне, через некоторые сервисы показывает, что домен как-будто в яке, это дает какие-то плюсы или минусы домену?

Склейка/расклейка не зависит от наличия/отсутствия ЯК и происходит в апдейты зеркальщика яндекса, которые наступают внезапно и непредсказуемо примерно раз в месяц.